للأسف إن مخاطر التجارة الالكترونية كثيرة ومتعددة ، وليس من السهل حصرها ، فتكنولوجيا التجارة الالكترونية تكنولوجيا سريعة التغير والتطور وكل تغير أو تطور يواكبه مخاطر جديدة ، ويكمن الخطر الرئيسي في التجارة الالكترونية في إمكانية اختراق الغير للمعلومات الخاصة لكل من المستهلك والتاجر .
ويذكر توم أرنولد والمتخصص بتعقب عمليات الاختراق عبر شبكة الإنترنت ، بأن عمليات الاختراق عبر التجارة الالكترونية توقع الضرر الأكبر على التاجر أكثر منه على المستهلك ( المشتري ) ، فتعويض خسارة المشتري ممكنة وخصوصاً بأنه وبالغالب يستخدم بطاقات الاعتماد للدفع وتكون خسارته محددة بعملية واحدة ، والتي قد يمكن تعقبها ، ولكن الخسارة الحقيقية تقع على التاجر ( الشركات ) حيث تتكبد الشركة الخسائر بفقدانها الإيرادات والتي يصعب تعويضها أو حتى تعقب المتلاعبين بأنظمتهم المحاسبية ، وذلك نظراً لتعقيدات العمليات الكثيرة في التجارة الالكترونية .
