هي عمليات تحليل الكتلة الحيوية بواسطة الميكروبات و الكائنات الدقيقة تعمل تحت ظروف يتم التحكم فيها لتوفير البيئة المناسبة لأقصي نشاط لهذه الكائنات و هناك نوعان من المعالجات البيولوجية التقليدية لإنتاج الوقود من الكتلة الحيوية .