بنود الاتفاقية

عام 2002م: بروتوكول مشاكوس الذي تم في كينيا، وجرت فيه الموافقة على بعض النقاط؛ كمبادئ الحكم، وأحقية المواطن في جنوب السودان بتقرير مصيره، وهيكلية الحكم.
عام 2003م: بروتوكول الترتيبات الأمنية الذي تم في نيفاشا في كينيا أيضاً.
عام 2004م: بروتوكول اقتسام الثروة الذي تم في نيفاشا.
عام 2004م: بروتوكول إيقاف النزاع في ولاية النيل الأزرق وجبال النوبة وبين منطقة جنوب كردفان الذي تم في نيفاشا.
عام 2004م: بروتوكول إيقاف النزاع في أبيي الذي تم في نيفاشا.