تعتمد عملية تنظيف الزجاجيات المستعملة على طبيعة الاستعمال:

1. استعمال كيمياوي اعتيادي
تغسل الزجاجيات دائماً قبل وبعد كل تجربة جيداً بالماء العادي ثم بالماء المقطر وكذلك غسلها بين فترة وأخرى بأحد المنظفات ثم غسلها بماء الحنفية وبعدها بالماء المقطر.
2. استعمال كيمياوي دقيق
أ. تنقع في محلول الكروميك لمدة أربع وعشرين ساعة (يحضر محلول الكروميك من إضافة لتر واحد من حامض الكبريتيك وبهدوء إلى محلول ثنائي كرومات الصوديوم أو البوتاسيوم المشبع).
ب. تغسل بأحد المنظفات الآتية:
أولاً: مزيج من حجمين هما حمض الكبريتيك مع حجم واحد من حمض النتريك.
ثانياً: محلول التنظيف المحضر من إذابة 100 غم من ثنائي كرومات البوتاسيوم في 375 مللتر من الماء المقطر ثم يكمل الحجم إلى لتر باضافة حمض الكبريتيك المركز إليه بهدوء مع الرج.
ج. تغسل بماء الحنفية ثم بالماء المقطر ثلاث مرات.