3 من أصل 3
كذلك فقد تعرض المبنى لأعمال ترميم خاطئة طمست العديد من عناصره المعمارية خاصةً الأسقف، كذلك افتقد المتحف جماليات وتقنيات العرض المتحفي الملائمة لكلا من البناء وطبيعة المعروضات. لذلك فإن أبرز النقاط التي تم التركيز عليها في هذا المشروع هي تطوير فراغات المبنى بجناحيه لتلاءم وظيفة العرض المتحفي وفي الوقت ذاته إعادة هذه الفراغات إلى رونقها السابق لما تمثله من أهمية تاريخية ولما تحويه من جماليات معمارية متفردة، فزيارة المتحف القبطي أشبه بزيارة متحفين في ذات الوقت، المتحف الأول يأخذ صفته من خلال ما يحويه من معروضات تمثل كنوز الحضارة القبطية أما المتحف الثاني فيأخذ صفته من خلال البناء ذاته فبالإضافة إلى القيمة المعمارية للبناء بما يشمله من عناصر معمارية بديعة ومتفردة، تشتمل على المشربيات والأسقف الخشبية المزخرفة والملونة والأقبية والفسقيات الخ…
فإن للبناء قيمة تاريخية هامة اكتسبها على مدار تاريخه ابتداء من بروز فكرة إنشاءه ليظهر في صورته الأولى كغرفة صغيرة بالكنيسة المعلقة ثم تطوره بإنشاء الجناح القديم والذي يحوي العناصر المعمارية الأكثر قدماً. ثم إضافة الجناح الجديد ومدخله المميز في النصف الأول من القرن الماضي، وبالتالي فبالإضافة إلى قيمته المعمارية والفنية الفريدة فإن التطور التاريخي لمبنى المتحف القبطي أكسبه قيمة مضافة وأصبح في صورته المعاصرة جزء من النسيج المميز لمنطقة مصر القديمة وأحد العناصر المعمارية والمزارات الهامة التي تميزها، وبالرجوع إلى تعريفات المجلس العالمي للمتاحف فإن قاعة رقم 4 والخاصة بالتأثيرات المصرية القديمة