وفي ذات العام افتتحت الشركة خطاً داخلياً في السعودية بين جدة والمدينة ومكة . وفي 1938 ، كان للشركة رحلات منتظمة في أرجاء مصر وفي الحجاز ومن مصر لفلسطين وسوريا والعراق وقبرص . غير أن اندلاع الحرب العالمية الثانية أدى لإفشال خطط الشركة المتعلقة بتقديم رحلات لنقل الركاب إلى مدينتي البصرة والموصل العراقيتين ولطهران واليونان . وكان نمو الشركة الكبير قد تأكد مع الزيادة في عدد المسافرين من 4 .868 في 1935 إلى 18 .559 في 1938 . كما ناهزت مسافة الأميال التي تقطعها طائرات الشركة مثيلاتها لبعض خطوط الطيران الأوروبية الكبرى .

وعلى السطح ، بدا توسع مصر للطيران بمثابة تأسيس للشركة كناقل جوي دولي كبير . ولكن الشركة كانت تعاني من صعوبات للحفاظ على مستوى أدائها . وظهرت أولى هذه المشكلات عندما وجدت الشركة نفسها محصورة في المنافسة بين شركة طيران هيوستن والخطوط الجوية الإمبريالية ، والتي كانت تخشى قيام بنك مصر بدعم مصر للطيران لتحقيق ميزة تنافسية لها في الشرق الأوسط وبالتالي إفشال بعض خطوطها عبر القارات . كما قامت بتفسير محاولة افتتاح خط طيران عارض للسودان على أنها محاولة لإفساد خط رحلاتها المتجه من لندن إلى كيب تاون . وبالإضافة للخطوط الجوية الإمبريالية ، فقد واجهت مصر للطيران معارضة قوية من قبل شركة شل للبترول اتي استشعرت في الامتياز الممنوح للشركة الجديدة تهديداً قد يحرمها من الخدمات العديدة التي كانت تقدمها للطائرات في مصر .

وخففت وزارة الخارجية البريطانية والسفارة البريطانية بالقاهرة من تشجيعهما المبدئي لمصر للطيران . وعندما حاولت الحكومة المصرية الدفع بأن خدمة الرحلات العارضة المقترحة لمصر للطيران إلى السودان تمثل خطاً محلياً وليس دولياً ، اعتبر البريطانيون هذا الادعاء محاولة مصرية لتأكيد دعاوى سيادتهم على السودان . أي أن البريطانيين بدأوا في التشكك في الخط الجديد لاحتمال استخدامه كجزء من السياسة الخارجية المصرية ضد مصالحهم .