ومن أهم مشاكل إضافة الأٍمدة مع مياه الري:-

1- انخفاض كفاءة الأسمدة وذلك في حالة عدم انتظامية مياه الري لسوء تصميم شبكة الري.
2- التفاعل بين المركبات المضافة مما قد يؤدي إلى تكوين مركبات جديدة تعمل على انسداد مخارج الري.